티폰은 가이아가 낳은 마지막 자식으로, 타르타로스에 티탄족을 가둔 제우스에게 분노한 가이아가 신들을 공격하기 위해 만들었다. 이 티폰은 신들이 연회를 열고 있을 때 공격하는데, 워낙 크고 강했기에 이때 신들은 깜짝 놀라서 아폴론은 매, 아르테미스는 고양이, 디오니소스는 염소, 아프로디테와 에로스는 서로를 잃어버릴까 봐 끈으로 몸을 묶어 물고기로 변하여 도망쳤다. 이때 몸을 묶은 아프로디테와 에로스의 모습이 물고기자리가 되었다.
물고기자리는 황도12궁에 포함된 별자리이며 물병자리와 양자리 사이에 있다. 신화의 내용에서 알 수 있듯 물고기 두 마리가 끈에 묶인 모습이다.
이 물고기자리는 여러 별자리들과 아주 가까운 곳에 위치한다. 우선 안드로메다자리, 페가수스자리와 가까이 위치해 있으며, 가을의 길잡이 별자리로 여겨지는 페가수스 사각형의 남쪽과 동쪽에서도 쉽게 찾을 수 있다. 아래 사진의 페가수스자리 속 커다란 사각형이 페가수스 사각형=가을의 대사각형이다.
물고기를 묶은 줄이 시작되는 곳이 고래자리의 머리 위이기도 하다. 그렇지만 별자리를 구성하는 별들 자체는 별로 밝지 않다. 별자리 중 가장 밝은 대표 별, 알파별조차 4등급의 밝기이다.
이 물고기자리는 현재 별들의 위치를 나타내는 기준이 되는 춘분점(태양이 남반구에서 북반구로 이동하며 적도와 교차하는 지점이다. 춘분점에 태양이 있을 때 낮과 밤의 길이가 같아진다.)에 가장 가까운 별자리이다. 어두운 별자리임에도 과거부터 관심을 받아올 수 있었던 것도 이 덕이 크다. 또 이 춘분점의 위치는 아주 오랜시간에 걸쳐 서서히 바뀌는데, 예수의 탄생과 물고기자리에 도달한 시기가 겹쳐 다양한 상징으로 활용되기도 했다 한다.